Что-то вы какую-то пургу несёте.
Если что-то шифруется, это шифруется, и не важно, где и куда - результат один и тот же.
Если у вас зашифрован системный раздел, вполне естественно, что загрузиться, не введя, ключа не выйдет - иначе пропадает сам смысл шифрования раздела. Если кто угодно может расшифровать и загрузить систему, этот кто угодно может и прочесть все файлы.
Я понимаю, зачем нужно шифровать, скажем, своп. Но я совершенно не понимаю, зачем шифровать свободно доступные программы?… Процессорное время лишнее?