Была такая проблема, начиная с 11.04:
На видеокартах ATI с использованием открытого драйвера radeon (Driver "radeon") при запуске иксов было видно, что граница экрана смещена примерно на центр (или не на центр), притом что в Live режиме с этим же драйвером все нормально...
а то и вовсе экран был залит сплошным цветом.
У меня HD 6850 и я решил проблему с помощью ручной правки xorg.conf
Прикладываю, может кому то поможет.