Некоторые PDF и LibreOffice нормально открывает, позволяя редактировать. Здесь бы пример самого файла, и какое именно редактирование Вас интересует? Если страницу целиком подменить - PDFshuffle, если в тексте правку - LibreOffice Writer (не на всех файлах прокатывает, т.к. некоторые pdf - тупо набор растровых изображений, а некоторые хоть и представляют собой форматированный текст, созданы с нарушениями спецификации формата pdf и потому редактировать их не получается). Libre в Ubuntu по дефолту установлен, - искать не надо. PDFshuffle есть в репозитории. И это только то, что GUI. Еще разные консольные вариации есть на тему перегонки из-много-чего в pdf и обратно.
Подведем итог:
Ругательства при открытии файла - кто ругается-то? Через что Вы его открывать пытаетесь? Дайте пример файла и поясните что Вам с ним нужно сотворить - может и подскажу(т) чего.