Проблема была из-за того, что обновились драйвера nvidia, а ядро (4.4.0-116) не обновилось. Новые драйвера nvidia были несовместимы со старым ядром. dist-upgrade и upgrade не обновляли ядро, пришлось вручную выполнить:
apt install linux-headers-4.13.0-36 linux-headers-4.13.0-36-generic linux-image-4.13.0-36-generic linux-image-extra-4.13.0-36-generic
После этого переустановил драйвера nvidia и все заработало.