Попробуй вот что - правой кнопкой мыши на панель, выбери из списка Reset panel, она сбросится на вид по умолчанию. Причина того, что у тебя апплеты не грузятся,в том что при обновлении встала другая версия Mate и визуально она по другому выглядит.
Второе сразу посмотри, в контрольном центре Startup Applications во вкладе Options поставь галочку, это позволить запускать после закрытия аплеты, после перезагрузки ос.