К сожалению оба ответа совершенно не верны.
Как я и предполагал (но не писал) - проблема была в наличии снимков VirtualBox. Если открыть менеджер дисков в VirtualBox - то можно увидеть, что изменился размер только основного файла-диска, а размеры снимков остались меньше.
Т.е. решение:
а) клонировать текущее состояние системы - получим новую машину, которая уже увидит увеличение диска
б) или удалить снимки, чтобы все накопленные изменения были перенесены в основной файл-диск. Однако с первого раза у меня не получилось - VirtualBox падал с ошибкой, но со второго раза - получилось.