owncloud капризный зараза:
-если положить файл в него извне (например через FTP), то он его никогда не признает и не покажет и не даст скачать
-то же самое если удалить файл из его хранилища через сторонний интерфейс - будет упорно показывать и выводить ошибки
-прямого доступа к файлу на сколько помню нет, менеджеры закачки с ним работать не могут, клиент и веб морда во время скачки крупных файлов зачастую выдаёт ошибку.
-ручной, автоматической или по расписанию индексации не нашёл.