Может просто переписать в директорию /usr/bin нужный qmake
У меня правда стоит Qt3, там рядом два файла лежат qmake и qmake-qt3, которые вроде идиентичны, может тебе его не редактировать, а запустить что-то типа qmake-qt4?
Короче, набери в терминале qmake и пару раз нажми tab, у тебя они все вывалиться должны в одну строчку.