Меняю правильно, сточка с новой комбинацией появляется, но не работает.
Разобрался в чем причина - до этого повесил запуск Whisker на один Super в настройках клавиатуры. Видимо, эти настройки друг друга перекрывают, так как без запуска Whisker через Super переключение окон по Super+D работает.