Думаю, это проблема не плеера, а какая-то общая проблема Линукс или какого-то модуля, отвечающего за правильное прочтение файла .cue.
Пример 1. В 17-дисковом собрании струнных квартетов Шпора, на восьмом диске, 4-ый трек должен звучать 12 минут 35 секунд; ТРИ ПЛЕЕРА - Foobnix, DeadBeef и Clementine - все до единого делают скачок на следующий 5-ый трек после проигрывания минуты и 3-х секунд.
Пример 2. 180-дисковое издание Моцарта от фирмы Philips, бокс №9 (фортепианная музыка), диск №4. Трек №4 должен звучать 6 минут 58 секунд. Плеер Foobnix перескакивает с этого трека на следующий 5-ый - после 23-х секунд. Также делает Clementine, тогда как DeadBeef этот трек проигрывает НОРМАЛЬНО, до конца! И т.д.
То есть: есть примеры, когда с какого-то трека делают прыжок на следующий все три плеера; есть примеры, когда два из трех; а есть примеры, когда вообще какой-то один плеер из трех перечисленных мной прыгает, а два другие играют нормально - один и тот же файл.
Думаю, проблема в каком-то глобальном модуле Линукс, ответственном за прочтение файлы .cue. Где-то давно случайно нашел, что это вроде как бы глюк модуля gstreamer, вот только не помню где, и не помню лечится ли это...