Мне нужно было сохранить в образ не только разделы, но и MBR, поэтому я просто сохранял нужно количество секторов через dd и не важно больше диск был или меньше.
В случае с CloneZilla же нет возможности клонировать большой диск на маленький, пусть и разделы на 1 диске влезают на 2 маленький диск. Несмотря на то, что клонзила не копирует пустое место такую копию она не пропускает, причины понятны, конечно. Но это к тому, что c dd больше возможностей.
В итоге клонзилой копировал только разделы и отдельно с помощью dd копировал MBR. Да, проще все копировать через dd, но вот народ завопил, что неудобно считать count для dd, хотя делается это довольно просто и быстро.