Потому что лучше делать разные префиксы для разных приложений. Тем более для ФШ. Для Photoshop CS6:
WINEARCH=win32 WINEPREFIX=~/.wine-ps winecfg
В окне конфига поставить Windows 7
WINEPREFIX=~/.wine-ps winetricks
Установить corefonts, atmlib, gdiplus, msxml3, msxml6, vcrun2005, vcrun2008, vcrun2010
В настройках поставить fontsmooth=rgb для сглаживания
И не нужно "заполнять" префиксы, и тем более пытаться сделать универсальный. Делайте отдельные префиксы под каждое приложение и устанавливайте туда только то, что требуется для этого приложения. Иногда бывает достаточно просто corefonts.