А с каким проигрывателем у вас появляются эти мигания и мерцания, можете поподробней рассказать? У меня просто то же самое происходит, когда смотрю фильмы через vlc. Причем раньше и на ютубе то же самое было, но потом нашел тут
http://7youtube.ru/ , как решить эту проблему. А вот с vlc, так и не знаю что предпринять. Уже все настройки перепробовал, бесполезно. Если вы уже выяснили, почему такое происходит, поделитесь пожалуйста информацией, в чем причина этой проблемы.