Подробнее о ситуации в которой проявился баг взаимодействия этой утилиты и шторма:
существует проект с множеством вложенных директорий. Поиск с заменой осуществлялся с маской '*.html' через Replace in Path.
строка поиска: ' src="/i/'
строка замены: ' src="{staticServer}/i/'
итог: если поштучно применять - ошибки нет, но если применить сразу ко всем результатам поиска All Files(у меня это около 1200 результатов в около 600 файлов), то вместо замены 'строки поиска', происходила вставка 'строки замены' на несколько символов раньше 'строки поиска', которая в свою очередь оставалась неизменной.
Несколько раз перезагружал IDE, но "плохой" результат повторялся с завидной постоянностью, после чего я убрал строку, которой подключается эта утилита из файла phpstorm64.vmoptions, откатил изменения, заново запустил процесс поиска с заменой и на этот раз все прошло без ошибок.
Я не исключаю, что баг мог быть и в шторме, но симбиоза таки не получилось и в итоге в коммит чуть не отправилось 600 файлов с ошибками, от чего хотелось бы предостеречь остальных.