Варианта два.
1.Делайте бекап с пользовательскими настройками.
2.Если нужен LiveDVD как дистрибутив, тогда Вам придется немного углубиться в знаниях. Вы можете сами вручную скопировать необходимые пользовательские файлы в папку /etc/skel ,хотя более правильно настроить элементы системы в других разделах, но для каждого рабочего стола это разные настройки. Программа сделана как универсальная для всех рабочих столов. Переделывать под какой-то один долго, дорого и неперспективно, так как все нюансы программа не сможет охватить, чтобы сделать все автоматом без участия человека.
В папку /etk/skel копировать лучше не все подряд, а несколько файлов с настройками для определенных программ. Будьте осторожны, а то скопируете и свои сохраненные пароли в браузерах.
Чем меньше файлов в папке /etc/skel , тем профессиональнее сборка.
Удачи!