Для детей. То есть, для новичков. И в этом смысле она вполне оправдывает своё назначение.
А поэтому должна работать через "одно место"? (сарказм).
А дальше каждый для себя решает сам, расти ему или нет.
Проблемная работа приложения как бы "очевидно?" намекает, на то что надо расти? (риторический вопрос).
По существу темы сказать ничего не могу, нет убунты у меня рядом. Однако по опыту использования отвечу, что этот центр приложений никогда нормально не работал в Ubuntu, причём любой, что оригинальный от Canonical, что гномовский (у меня многолетний опыт с этим). После знакомства с Fedora, я был серьёзно удивлён, как прекрасно (в среде GNOME) работает Центр приложений. Я в общем то даже Synaptic давно не использовал, так как предпочитаю в этом деле командную строку.
Возможно в ближайшее время гляну что не так с центром приложений в виртуалке, но разбираться с багом не стану. Совет переходить на Synaptic или aptitude, apt в общем то здравый, но это не означает, что Центр приложений должен работать через "одно место". Если действительно хотите пользоваться центром приложений, в том классическом виде (управление приложениями а не пакетами), могу только посоветовать попробовать Fedora Workstation. Там кстати так же не все приложения могут быть доступны к установке через Центр приложений, зависит от типа приложения, или ментейнера, но то что доступно, работает прекрасно, во всяко случае я не стакливался с каким то косяами, хотя сам я редко использую GUI для установки/удаления пакетов или приложений.
Но помните, поддержку Fedora мы не оказываем в рамках данного форума, если у вас с ней возникнут проблемы, вы не сможете просить помощи в профильных разделах.