Установил апаче, растут логи до невменяемых размеров

[Гамлиэль Фишкин]

Нельзя сделать на сервере Nginx отдельные, как будто бы конфигурационные файлы, и скрипт, который будет "собирать" боевой конфигурационный файл?

Нет.

Виртуальным хостингом пользуются по двум причинам. Одна из них состоит в том, что он, как правило, дешевле (и это не всегда так). Главную же причину я вижу в том, что виртуальным хостингом может воспользоваться любой, в то время как для использования VPS нужны знания (плюс цена ошибки выше). Если сервер полностью Ваш (VPS или физический сервер), ставьте Nginx. На своём компьютере Apache нужен, IMHO, только для отладки сайтов, размещённых на виртуальном хостинге.

[pfg21]

с некоторой точки зрения можно эттим и занимаются две строчки
include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
include /etc/nginx/sites-enabled/*;
в конфиге нжинкса, но они для них нет системы авторелоадиинга, т.е. после изменений в конфиге надо пинать нжинкс перечитывать конфиги.
.htacces читается при каждом хттп запросе, что весьма затратно по времени, но динамично (емнип).

[Гамлиэль Фишкин]

include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
include /etc/nginx/sites-enabled/*;

Это ясно как день, но ошибка в конфигах, подключаемых командой include, точно также может сделать неработоспособным весь сервер.

[pfg21]

эт да, зато есть уровень конфига.