Вот столкнулся с такой проблемой (сабж). Порыскал по нету, нашел множество различных доков, но многие из них просто не сработали, а помог только один. Вот решил его тут запостить, может кому понадобиться =)
1. Надо остановить mysqld
shell> pkill mysqld
2. Запустите mysqld с параметрами --skip-grant-tables --user=root
shell> mysqld --skip-grant-tables --user=root
3. Подключитесь к mysql серверу этой командой
shell> mysql -u root
4. Обновите запись для root'a
mysql> UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('<новый пароль>') WHERE User='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
Готово! Теперь можете логиниться под root с паролем <новый пароль> =)