Спасибо за ответ.
Тогда я видимо не стой стороны решил побороть тормоза при обращении к диску IDE, такое ощущение что DMA не работает.
IOWait при этом 100%.
Рутовский диск 20 гиг, 15 гиг свободно, своп 1,5 гига, ОЗУ 512 метров.
На свежей убунте так не тормозило, постепенно тормоза нарастают после обновлений, прямо как Windows переполненная dll.