Если это скрипт, то на самый крайний случай, можно попытаться разобраться как он работает и сделать то, что он делает руками. Для начала попробуте запустить скрипт удаления через sh sh ./GUIUninstall.sh
Может быть причина в особенностях работы bash, которая по умолчанию стоит в убунте.