1. подключаешь оба диска.
2. в Биосе выставляешь, чтобы грузился тот, гду Ubuntu, грузишь Ubuntu, смотришь ху из ху (какой диск sda и какой sdb, по идее с убунтой должен быть sda, но проверить не помешает). Посмотреть можно, например, дисковой утилитой.
3. в терминале выполняешь
sudo grub-install /dev/sda
sudo update-grub
4. перезагружаешься. Должно появиться меню выбора систем.