Audacity не обязательно, но извлекать звук из клипа придется. В целом алгоритм приблизительно такой:
ffmpeg -i movie1.mkv -vn -f s16le -acodec pcm_s16le -y 1.wav # и так для каждого клипа со своим именем
normalize -b *.wav
ffmpeg -i movie1.mkv -i 1.wav -map 0:0 -map 1:0 -f matroska -vcodec copy -acodec libmp3lame -ab 256k -y 1.mkv # и так для каждого клипа со своим именем
При желании, организовав цикл, можно написать простой скрипт.
Алсо, если не ошибаюсь, Avidemux позволяет нормализовать аудиодорожку.
А вообще-то, если планируется организовывать DVD-диск, более кошерным вариантом будет сразу делать DVD-совместимые клипы - mpeg2video, mp2/ac3.