avidemux может.
Со звуком периодически бывают проблемы, я лечил пересборкой.
С пульсом работает адекватно ,в настройках ->Правка->Свойства
Сейчас,из федоровских реп, всё нормально воспроизводит.
Внизу на шкале avidemux-а, есть метки "A" и "В" - начало и конец выделения,
Если оставить так, то сохранит,или кодирует, выделенный участок, если нажать Delete - просто удалит.