Могу посоветовать xdotool, маленькая програмка, с помощью нее точно можно, только вот как я не знаю - нужно читать маны )
Тулузина оказалась полезной, но у меня зверски глючит:
1. конструкция вроде "xdotool getactivewindow windowmove x y" вообще не должна двигать окно, судя по мануалу. В реале окно "ползет" вправо и вниз
2. "xdotool getactivewindow windowmove --relative 100 0" окно должно двигаться на 100 пикселей вправо (относительно текущего x) и оставаться на той же высоте. В реале вправо двигается как надо, но вниз все равно ползет. Методом тыка определил, что вниз оно ползет ровно на 48 пикселей, т.е. "xdotool getactivewindow windowmove --relative 100 -48" решает проблему - окно смещается вправо по x, а по y остается на одном уровне, что довольно странно.
3. Самая странная хрень - "xdotool getactivewindow windowmove --relative 100
-48" работает а что-то вроде "xdotool getactivewindow windowmove --relative
-100 -48" выдает ошибку - не нравится ему параметр "-100", т.е. По Y отрицательные значения указать можно, а по Х - нельзя.
На всякий случай проверил в virtualbox на чистой xubuntu и linuxmint xfce 14 - windowmove ведет себя также странно.
Хм, даже исходники на сайте автора откопал, откомпилил постарался, получилась версия "version 3.20130710.1" вместо старинной 2011 года - тоже не помогает, глючит точно также по всем пунктам((.
Присмотрюсь к wmctrl еще, хотя если бы xdotool не глючил так, то проблему бы он решил запросто.