Punko, а если только те, которые указаны в EXIF, то нужно делать в два приема - сначало развернуть те которые нужно повернуть, причем нужно учитывать именно EXIF - ибо фотик могли в руках держать как угодно, даже и кверх ногами, а потом все привести к единому размеру на для страницы PDF, иначе две или более фотки могут попасть на одну страницу и только потом собрать в PDF!
** кстати допустима и обратная конструкция
convert file.pdf name-%03d.jpg