Искал по форму, не нашел такого же бага. Может плохо искал.
Система Ubuntu 16.04 x86-64. Чистая установка.
После перехода на SSD появилась такая проблема: При загрузке системы не загружается выбранная тема и иконки со шрифтами. Я установил по инструкции тему и иконки Numix. Шрифты немного подкрутил под себя (размер, ничего такого). При загрузке системы загружается стандартная тема и иконки. Причем, если открыть unity-tweak-tool и попытаться выбрать другую тему/иконки - ничего не происходит.
Пока был на HDD - проблем не было. Теперь с переходом на SSD появилась на постоянной основе. Пока что пытаюсь выяснить детали, но ощущение, как-будто что-то не поспевает за SSD и конфиги не успевают применяться.
На данный момент единственное решение - выйти из пользователя и залогиниться заново. Тогда все нормально.
Находил решение с очисткой конфигов и заменой unity-tweak-tool на gnome-tweak-tool. Не знаю, рабочее ли оно, поскольку gnome-tweak-tool тянет за собой половину Gnome Shell, что не нужно.