Usermaster, это не дыра, а неправильные действия пользователя.
Файлы, о которых идёт речь, называются .Xauthority и .ICEauthority.
В них содержится информация, которую использует xauth при активизации сессии каждого пользователя системы.
Так вот, в случае если пользователь запускает из терминала графическое приложение с повышенными правами, то существует вероятность перезаписи прав на файлы в домашней директории, что собственно у Вас и произошло.
Как это лечится?
А лечить ничего не нужно, нужно просто правильно работать как с терминалом, так и с запуском графических приложений через него.
Правильным действием в случае надобности такого запуска будет установка gksu и последующая команда:
gksu <приложение>
Или же просто:
sudo -H <приложение>
man sudo в помощь.