Грендайзер, удаление каталога ~/.wine по сути является корректным удалением префикса. Создать новый Вы теоретически можете где угодно.
Только "ручками" это делать не надо. Определитесь с местоположением и именем будущего префикса, и подмонтируйте необходимый диск, и выполните:
WINEPREFIX="/media/OtherFiles/wine_new" WINEARCH=win32 wine wineboot
export WINEPREFIX=/media/OtherFiles/wine_new
или
WINEPREFIX="/media/OtherFiles/wine_new" WINEARCH=win64 wine wineboot
export WINEPREFIX=/media/OtherFiles/wine_new
(в зависимости от того, x64 или x32 префикс Вам нужен). В приведенном примере создание префикса происходит в нескрытой папке wine_new по адресу /media/OtherFiles/, подразумевается, что OtherFiles - отдельный физический диск, смонтированный в media/; вторая команда меняет дефолтный префикс на вновьсозданный, - по идее, так мы обойдем возможный баг с попыткой wine всякий раз без указания префикса, с которого работаем (когда просто в ФМ открываем win32 приложение двойным ЛКМ) создать префикс в /home/.wine и работать оттуда. Необходимо проверить работу после перезагрузки, - если ребутнувшись, и запустив winecfg Вы получите вновьсозданный префикс в /home/.wine, то имеет смысл команду export WINEPREFIX=/media/OtherFiles/wine_new прописать в автозагрузку.