я так понимаю что можно взять какртинку...
Почти что совсем не так.
Если-бы создатель copyq сделал все правильно, то не пришлось бы ничего искать-править.
В общем случае в параметре Icon десктоп-файла указывается иконка, для показа этого десктоп-файла (например в файлменеджере).
Совсем не обязательно, что на панели будет эта-же иконка (например skype). В худшем случае это может быть жестко зашито в коде приложения.
И тогда нужна будет именно та иконка и в том месте, что зашито в коде.
Например - unity. Большая часть иконок находится в /usr/share/unity и плевала она на стандартное расположение и стандартные названия.
Если десктоп-файл на рабочем столе, в файлменеджере, в даш показан с иконкой copyq, то скорей всего с ней все в порядке.
...есть черный прямоугольник с красным перечеркнутым кругом
Иконка "image-missing". Программа не нашла подходящую иконку, а что она считает подходящей надо спрашивать у разрабов или искать самому.
...взять какртинку нужного размера и поместить в нужную папку
Еще и с нужным именем. Вот только это три "нужных" неизвестны.
Далее ищите там папку с названием своей темы значков (ubuntu-mono-dark, если я правильно понимаю), и проверяйте наличие в ней соответствующего значка. Можно поиск по каталогу сделать по ключевому слову copyq.
Скорей всего бесполезно. Изначально в ubuntu-mono-dark нет такого значка, а по "правилам хорошего тона" сторонние приложения не должны туда ничего добавлять.
Если-уж искать, то в hicolor. По стандарту, как раз туда сторонние приложения должны добавлять свои иконки.
Чаще всего сей кроссорд приходится решать визуально.
Просматриваешь иконки, конфиги, код. Ищещь зацепки. Бывает что повезет.
Если существует, просмотри все в каталоге /usr/share/copyq.
Иногда в каталоге /usr/share/pixmaps может быть каталог с именем программы.
Далее - просмотр кода самого приложения. Если написан на каком-нибудь скриптовом языке (например питон), то достаточно текстового редактора.
Если бинарный код, то возможно потребуется HEX-view.