Барабашка, думаю, вам всё это кажется. То есть, всё есть так как есть, но вывод вы делаете не правильный: почему-то думаете, что это ошибка. Но это не ошибка и не подстава, хотя, возможно, для вас и проблема.
У меня когда-то было тоже самое. Под систему было выделено 20Gb, под /home (отдельным разделом) - столько же. Все пользовательские файлы на отдельном внесистемном разделе. После установки Steam и одной игры и пары программ в Wine, места в /home почти не осталось. Я просто удалил Steam и относящуюся к нему игру и поставил снова, но указав путь и для Steam, и для его игр, в /media/диск_с_данными. Всё, /home почти свободен.