У меня на рабочей станции Ubuntu14.04 Unity стоит qbittorrent 3.1.12, Стоило только поставить "птичку" в настройках "Автоматически добавлять торренты из" и оставить папку "Загрузки" по-умолчанию, как моментально при получении торрента он автоматически запускался. и ни каких проблем! Стало быть ошибка всё-таки в transmission. Но домашний сервер мне для того и нужен, чтобы скачивать файлы из интернет, хранить и раздавать их по домашней сети. Так, что вопрос считаю решёным.