Я не знаю как это сделано конкретно, но разница в сессиях есть.
Даже если заходить за юзера, где все работает - будет вариант зайти с обычного гнома и с убунтовского. Отличие в том, что в убунтовском в настройках есть настройки Ubuntu дока, а в гномовском настроек Ubuntu дока нету.
Я сносил .dconf - не помогало зайти с Ubuntu версии.