М.б., ноутбук так настроен, в BIOS или в системе, что даже по нажатию кнопки он не выключается, а засыпает.
Сейчас у меня ноутбука нет, где это в системе, я сказать не могу. Попробуйте из терминала вызвать
/sbin/shutdown -P
будет ли в этом случе после выключения разряжаться батарея.
У меня в /etc/sudoers.d/sudoers пользователю разрешено вызывать эту команду.
Или ищите в Интернете в целом по
notebook battery discharged after power off
battery drain while laptop switched off
или по подобным.