Сталкивался с таким в одном своем плеере, когда то давно.
Решил просто сортировкой файлов индексами в названии - а при копировании (я копировал Thunar-ом) имеет значение не только сортировка в файловом менеджере но и порядок выбора файлов. Я это все экспериментально выяснял. Возможно Dolphin и mc себя как-то иначе ведут.