Не понял, если честно.
Ну да, перевели наш регион на другой часовой пояс. Пока в tzdata не поправили, да, можно было пользоваться Самарской таймзоной... или вообще просто зоной UTC+4
Сейчас в tzdata всё исправили, потому можно и Саратов выставить.
А несовпадения - значит в винде неправильно таймзона выставлена. Выставьте там Астраханскую или так же Самарскую и всё выровнится.
Если уж системы живут на одном железе, то и работать они должны синхронно, тем более все инструменты для этого есть.
Или Windows старенькая? Но и там можно найти ПРАВИЛЬНОЕ решение.