Ну ту есть несколько вариантов.
Есть надо через гуй, то можно в Система/Администрирование/Запускаемые приложения
Если КДЕ, то можно создать папку ./.kde4/Autostart/ и сделать туда симлинк того, что хотите запустить
Я думаю, что можно вышеописанное и в ./.gnome2/ проделать
Можно как и писалось в rc запулить, только команда вроде update-rc