Нужно создать файл:
sudo nano /etc/udev/rules.d/10-autoumount.rules
С такой строчкой:
SUBSYSTEM=="block", KERNEL=="sd*", ACTION=="remove", RUN+="/sbin/shutdown -h now"
Чтобы новое правило вступило в силу, выполнить:
sudo udevadm control --reload-rules
или просто перезагрузиться.
Проверил на виртуалке с системой Ubuntu 14.04 LTS Unity, машина выключается при выдергивании флешки из порта USB.
Если нужна перезагрузка, а не выключение, то в команде shutdown -h now параметр -h нужно заменить на -r.