Ivanyuch, тут много всего, так что по пунктам и наверное, с конца.
1) То, что у вас флэшка в NTFS нормально монтировалась с большой долей говорит о том, что пакет 3g-ntfs уже был установлен. Например, он автоматом ставиться, если во время установки Ubuntu к ней подключен носитель, хотя бы с одним NTFS-разделом.
2) Не совсем понимаю, чем и как вы монтируете сейчас внешний NTFS. Возможно этим вы всё и поломали. Хотя, могу ошибаться.
3) Медленный переброс файлов обусловлен, скорее всего, медлительностью интерфейса. USB2, наверное? USB3 или SATA2, даже, через специальную коробку-адаптер были бы быстрее. SATA3 совсем круто, но не факт, что поддерживается.
4) Треск может означать поломку. Её можно посмотреть в отчётах SMART, например во встроенной в Ubuntu утилите "Диски". Просто бывает так, что полуживой винчестер в одной ОС работает нормально, а в другой работать не хочет, при том приоритет ОС не важен, важен конечный результат.
5) Так же треск может быть обусловлен усиленной нагрузкой, например, индексированием файлов. Некоторые программы в Ubuntu могут самостоятельно запускать индексирование, например фото-просмоторщики, медиа-проигрыватели.
6) Попробуйте после проверки SMART (и если всё там будет в порядке) отформатировать винчестер в NTFS с помощью Gparted. С полным пересоздание таблицы разделов.
7) Монтирование внешних устройств и так идёт в /media/уникальный_каталог_монтирования, впрямую в /media монтировать не принято. Монтирование внешнего винта в /dev также выглядит странно (хотя и не запрещено). Впрочем, для автоматического монтирования NTFS-разделов внутренних винчестеров есть хорошая инструкция, возможно, она вам поможет:
https://help.ubuntu.ru/wiki/монтирование_разделов8 ) Из пункта 7) следует вывод: перенос папки на внешний раздел не рационален (если вообще возможен), ибо тогда не понятно, куда будут подключаться флэшки и другие внешние носители. Придётся для нормальной работоспособности системы всё время держать внешний винт подключенным. Ну а перенос всего /media ещё и на NTFS, опять же, если и возможен, то вреден: NTFS не понимает линуксовых прав, вследствие чего могут возникнуть большие проблемы.
Надеюсь, форматирование через Gparted и инструкция по монтированию помогут.
P.S. И да, кстати, таблица GPT на 2ТБ диске может решить проблему.