Если автообновления не нужны, то проще удалить:
sudo apt purge update-manager
sudo apt purge unattended-upgrades
Всё, больше обновления не будут тревожить, не будет даже проверки обновлений. А обновлять систему командами в терминале sudo apt update -y && sudo apt upgrade -y . Можно сделать скрипт (update.sh) с этими командами и прикрутить к нему иконку (upadate.desktop), запускать обновление раз в неделю в удобное время.