Тут видно, что иконки на рабочем столе в наутилусе присутствуют, а на самом рабочем столе файлы без иконок.
С наутилуса программы запускаются
А пытаясь запустить с самого рабочего стола, получаю сообщение, что отказано в доступе
С терминала удачно всё запускается
Все нужные доступы открыты