Тоже имею описанную автором темы проблему: при интенсивной работе с документами в LibreOffice иногда исчезают кнопки управления окном и в самом верху экрана появляется меню от Nautilus'а. Уже привык перед закрытием документа перемещать указатель мышы в самый верх, проверяя наличие чужеродного для LibreOffice меню, и, если оно есть, закрывать документ с помощью "Файл \ Выход".
А еще, если переключаться между открытыми окнами запущенных программ не с помощью Alt+Tab или Alt+`, то может возникнуть несоответствие: на экране отображается окно приложения, на которое переключились; а кнопки управления окном и меню отображаются от окна, которое было активно ранее. Уже привык после каждого переключения щелкать левой кнопкой мыши по содержимому окна, на которое переключился, это приводит верхнюю строку в соответствие с активным окном.
Из твиков только несколько закрепленных приложений на Unity Launcher и одна добавленная комбинация горячих клавиш в настройках Compiz Fusion.