Вот и у меня те же грабли, если я копирую кучу файлов общим объемом в 6 гигов но ни один фаил не превышает 200 метров то все копируется очень быстро и без проблем, но стоит начать заливать фильм размером в 1,5 гигабайта, как все дойдя до половины процесс скатывается до 100 килобит и практически не шевелится, по крайней мере прождав пол дня терпения не хватает.
Копировал в гноме в консоли, на разные флешки, которые в винде воспринимают такие файлы адекватно. Пробовал NTFS, FAT32, EXT2, как ни странно наименьшие проблемы были с NTFS.
Все это наблюдалось как в 9,04 так и в 9,10 установленной с нуля.