Мне, честно говоря, казалось, что это проблема чисто Unity. В Gnome Shell, скажем, такой проблемы, на сколько я знаю, не наблюдается. Вот, например, только что заходил на своей основной системе, 11.10, в Gnome Shell-сессию и этой проблемы там нет... Но Gnome Shell я использую редко (тоже "для посмотреть"), поэтому могу что-то пропустить. Я это к тому, что выглядит это как исключительно Юнити-индикаторная проблема...