У ТС-а два пути... смена дистрибутива на тот, который позволяет настроить его загрузившись вживую и сохранить рабочую систему в формате.iso, т.е. получится такая-же загрузочная флешка, но уже настроенная по своему.
Второй подход установить приложение на установленную, настроенную систему и установить на неё приложение, которое сможет забэкапить свою рабочую установленную систему опять-же в формате исошника загрузочного. Все подходы по сохранению в "persistent", casper-rw и прочее ему не подойдёт, т.к. на флешку у него запрет вообще любой записи.