Да проблема, что там из разных мест до кучи все собирается. И как-бы не приходится с этим делом "ежедневно" общатся (то есть вообще не приходится), так что я тоже не спец.
На просторах интернета нарыл команду для дебиан-систем, которая дает список конфигурационных файлов, которые правились после установки пользователем
dpkg-query -W -f='${Conffiles}\n' '*' |
awk 'OFS=" "{print $2,$1}' |
LANG=C md5sum -c 2>/dev/null |
awk -F': ' '$2 !~ /OK$/{print $1}' | sort
Можно попробовать