Я не знаю, какой способ более правильный. Я использую xkbcomp. Её запуском получаю и сохраняю в xkb-файл раскладку
по умолчанию, редактирую его, как мне надо, сохраняю с другим имененм и потом при каждом входе из ~/.config/autostart
у мне вызывается его загрузка той же xkbcomp.