Подозреваю, что он никогда и не работал через sudo? Дело в том, что sudo меняет пользователя (на root), и при этом не копирует по-умолчанию все переменные окружения. А графические приложения от них зависят, поэтому никогда и не будут работать. Более того. sudo делает ещё большую подлянку - оно не меняет ваш HOME, из-за чего созданные приложением файлы (например, конфигурационные), могут сломать вам запуск того же приложения без sudo. Когда-то давно был способ всё это обойти. Сейчас же ответ примерно такой: никогда не запускайте никакие графические приложения через sudo, если очень хорошо не понимаете, что делаете.
Впрочем, конкретно для gedit есть такой хак:
gedit admin:///home/user/base.sql