Если через терминал устанавливать обновы,то нужно подтвердить,нажатием "ок" в диалогов окне,настройку утилиты keyboard-configuration,в самом начале всего процесса. Наверное она и стопорит процесс установки обнов,если их ставить через update manager, т.к. там нет такого диалогового окна.