мне кажется, что снапшот с lvm — ответ на ваши потребности, как тут
выше уже указывали.
поищите на предмет lvm snapshot backup and restore — насколько я помню, для мускула есть некоторые нюансы.
если, конечно, у вас фс уже не поддерживает снапшоты — вы не указали ни ось, ни фс.
с другой стороны, вы говорите:
На форумах больше оговаривают либо о десктопе чтоб потом с диска загрузиться и восстановиться, что для сервера мало приемлемо.
восстановление системы без шатдауна я себе представляю, честно говоря, с трудом.
вопрос с бэкапом через lvm snapshot лично для себя, ленивого, я уже решил. если что-то сильно поломается, то и перезагрузиться смогу.