Таки разобрался!
Причиной периодического ступора системы оказался DVD привод TS-L632D.
После отключения привода работа системы стала абсолютно нормальной.
Информацию об этом нашел Инете, где объяснялось это тем, что система время
от времени сбрасывает DVD привод и ожидает от него ответа (тот же таки большой iowait).
Лечить рекомендуется перепрошивкой привода. Я перепрошил привод согласно рекомендации,
но в моем случае это не помогло - пришлось DVD привод вытащить с ноутбука, тем более, что толку
с него и так было немного - работал очень плохо, единственно, на что он был способен - это читать
диски фабричного производства.
P.S А все-таки Ubuntu 6.10 cо старым ядром 2.6.18 с этим приводом работает нормально. А недавно узнал,
что Red Hat Enterprise Linux 5.4 (последняя официальная версия этого дистрибутива) до сих пор
сидит на ядре 2.6.18 - именно из-за проблем в новых версиях ядра.